1 жніўня 1944 года на падставе Дырэктывы Ваеннага Савета Беларускай ваеннай акругі ад 1 верасня 1944 г. № ОМ/1/467 сфарміраваны Ваўкавыскі раённы ваенны камісарыят з падначаленнем Беластоцкаму абласному ваеннаму камісарыяту. З лістапада 1944 г. у падначаленні Гарадзенскага абласнога ваеннага камісарыята.